El Colegio Libre de Eméritos surgió en 1986 por iniciativa privada para dar acogida a los catedráticos de universidad y profesores de investigación del CSIC, que habían sido jubilados prematuramente por una decisión administrativa del gobierno de España (la edad de jubilación pasó súbitamente de los 70 a los 65 años). La principal misión del Colegio era ofrecer los medios necesarios a los profesores para que continuaran su labor pedagógica y académica, y para que pudiesen seguir siendo un valioso cauce de transmisión de la tradición cultural e intelectual a las siguientes generaciones.
El Colegio logró desde entonces que el gran capital humano que suponían los profesores, cualquiera que fuese su posición o tendencia, continuase estando al servicio de la sociedad, a través, sobre todo, de la dirección y realización de publicaciones, conferencias y seminarios públicos.
Los fundadores de la primera etapa del Colegio fueron:

D. Alberto Sols García
Catedrático Emérito de Bioquímica de la Facultad de Medicina de la Universidad Autónoma de Madrid

D. Ángel Vian Ortuño
Catedrático de Química Técnica de la Universidad de Salamanca,
Catedrático de Química Industrial, Economía y Proyectos, en la Universidad Complutense de Madrid.

D. Antonio Colino López
Doctor Ingeniero Industrial. Fue el creador de las Cátedras de Electrónica y Energía Nuclear en la Escuela Superior de Ingenieros Industriales

D. Fernando Chueca Goitia
Arquitecto por la Universidad Politécnica de Madrid, realizó algunas obras importantes en la capital de España, entre ellas cabe destacar la Casa de las Siete Chimeneas y la Catedral de la Almudena.

D. Francisco Grande Covián
Catedrático de Fisiología de la Universidad Complutense de Madrid.

D. Gregorio Valera Mosquera
Catedrático Emérito de Nutrición y Bromatología de la Universidad Complutense de Madrid

D. José Luis Pinillos Díaz
Catedrático de Psicología de la Universidad de Valencia, Catedrático emérito de Psicología en la Universidad Complutense de Madrid.

D. Julián Marías Aguilera
Catedrático de Filosofía Española (Cátedra Ortega y Gasset) en la Universidad Nacional de Educación a Distancia

D. Luis Díez del Corral y Pedruzo
Catedrático de Historia de las Ideas y de las Formas Políticas en la Facultad de Ciencias Políticas y Económicas de la Universidad Complutense.

D. Manuel García Pelayo
Catedrático de la Universidad de Caracas. Doctor Honoris Causa por las Universidades de Salamanca, Zaragoza y Central de Venezuela

D. Pedro Laín Entralgo
Catedrático de Historia de la Medicina. Historiador de la medicina y de la cultura española, ensayista.

D. Rafael Lapesa Melgar
Catedrático de la Historia de la Lengua Española en la Universidad Complutense de Madrid.

D. Santiago Grisolía García
Doctor en Medicina de la Universidad Complutense de Madrid.

D. Severo Ochoa de Albornoz
Doctor en Medicina cum laude en la Universidad Complutense de Madrid. Premio Nobel de Fisiología y Medicina en 1959
A partir del año 2020 se produce una transformación en el Colegio, atendiendo a la rapidez de los cambios estructurales de la sociedad, así como a la idea de consolidar el gran valor de la pluralidad de conocimientos del claustro. Así en este proceso de reforma y actualización, el Colegio Libre de Eméritos se abre a la posibilidad de acoger a miembros invitados entre los profesores e investigadores españoles en activo y también, y como miembros extraordinarios, a aquellas personas de excepción en campos no ligados a la universidad, dentro del ámbito de la cultura y la economía, así como a personalidades extranjeras.
Se configura así un potente equipo intelectual que se articula bajo tres principios básicos: la confluencia activa de disciplinas, la colaboración y comunicación entre ellas en la búsqueda de lenguajes comunes y objetivos compartidos, y la visión multifocal en los abordajes de los problemas específicos.
En el plano práctico, el Colegio amplía sus actividades, manteniendo la tradicional alta divulgación e incorporando dos relevantes áreas de trabajo, el laboratorio/observatorio de ideas, centrado en analizar las circunstancias relevantes que se vayan produciendo en el ámbito nacional e internacional y que se consideren importantes por su repercusión en España; y el Instituto de Estudios Avanzados, que concentra la acción docente del proyecto y su colaboración con las universidades tanto de ámbito nacional como internacional.
El fundador de la segunda etapa del Colegio ha sido:

D. Enrique Baca Baldomero
Catedrático de Psiquiatría de la Universidad Autónoma de Madrid.
